La grande cappella del complesso della Casa Generalizia è stata aperta al culto il 6 gennaio 1937. Inizialmente fu intitolata a San Giuseppe, patrono e protettore dell'Istituto, e fu progettata per accogliere le Reliquie del Santo Fondatore, qui trasferite il 25 gennaio 1937.

Originariamente l'urna fu deposta su una lastra di marmo giallo sotto uno dei 4 altari laterali.

A più riprese la cappella subì ingrandimenti e trasformazioni. Negli anni 1947/48 furono costruite due cappelle semicircolari e in una di queste (oggi Cappella dei Martiri) furono spostate le Reliquie per poter dar loro maggiore rilevanza e maggior spazio. Attualmente sono collocate in fondo all'abside.

Nel tempo le 2 grandi cappelle semicircolari sono state arricchite con vetrate.

Nella prima sono raffigurati il martirio di San Salomon Leclercq e alcuni Fratelli che hanno dato la loro vita per la fede; nella seconda vi è la statua della Beata Vergine Maria con il Bambino Gesù e quelle di Don Bosco, fondatore dei Salesiani (si ispirò alla pedagogia del De La Salle) e di San Marie-Madeleine Postel, fondatrice delle Suore delle Scuole Cristiane. Fanno da cornice le vetrate dei Fratelli Beati.

Inoltre, all'interno del Santuario, ci sono anche delle vetrate dedicate alla vita del Fondatore, e altre dedicate a Fratelli Venerabili e Servi di Dio.

I 4 altari laterali sono, invece, dedicati a:

• San Giuseppe
• San Miguel Febres Cordero – Ecuador (Statua e Reliquia)
• San Mutien-Marie Wiaux – Belgio (Statua e Reliquia)
• San Bénilde Romançon – Francia (Statua e Reliquia)

Completa il tutto il grande organo in fondo alla Chiesa e un bellissimo crocifisso ligneo posto sopra ad un piccolo altare dedicato a tutti i Fratelli defunti che hanno prestato servizio nella Casa Generalizia.